人类使亚麻籽已经有4000多年的历史，以上说了亚麻籽的对人的益处，但任何一种食物都不是完美的，亚麻中含有有毒物质氰基糖苷，对抗维生素B6的元素，以及其他抗营养因子，例如生氰糖苷，胰蛋白酶抑制物，植酸，过敏原，致甲状腺肿素等。
在亚麻中找到的对抗维生素B6 的成分是威胁人类健康的因素之一。美国心脏协会在1999年的研究表明：血液中维生素B6过低会增加中风和致命冠心病的可能，他们也担心亚麻是否会对人类的怀孕期和生殖系统发育也有不利的作用。原因是由于一种名叫开环异落叶松树脂脂酚二葡萄糖苷（SDG）的化合物。亚麻是目前已知SDG的最大来源。所以如果在怀孕期和哺乳期使用亚麻的话，应特别留意。而且目前最成功的办法也不能完全解除其毒性。
