造成婴儿消化不良的原因是多方面的。从婴儿自身来说，由于年龄小，肠胃发育不完善，容易因为吃入的食物刺激或者疾病因素导致肠胃功能运作不正常，造成消化不良。季节性因素也会造成婴儿消化不良，门诊里由于换季或突然高温干燥天气导致消化不良的宝宝会比平日多。而从外因来说，造成婴儿消化不良最常见的原因是父母喂养不当，比如给宝宝吃了不容易消化的食物、添加新食物的种类过频过密以及食品搭配不合理等，这些都会导致婴儿肠胃负荷加重从而引起消化不良。
1、家长给的食物不太易消化
婴儿的肠胃功能弱，消化能力差。有时候家长过于着急给宝宝添加辅食，如有的家长在宝宝不满4个月时就给添加了米糊等辅食，这时候宝宝体内还未能生产出可以消化淀粉的酶，若吃了米面类辅食，就会导致消化不良。有时候，若家长没有细致处理食物，例如给宝宝准备的肉切得不够碎，也容易引起宝宝消化不良。
2、家长给宝宝太多新的食物
有些家长觉得宝宝能吃的食物有限，希望让宝宝尝尝鲜，给宝宝吃一些没有吃过的食物。宝宝觉得好吃，又喂很多给宝宝。这样会导致婴儿消化不良。在让婴儿尝试吃一种新的食物时，要让他慢慢适应。一次的量不能给太多，要逐渐增加，让宝宝有个适应过程，否则宝宝的肠胃可受不了。
3、家长给宝宝的食物搭配不合理
宝宝满4个月过后，家长就需要给宝宝增加奶类以外的辅食，从果汁、菜汁、米糊等开始逐步添加，这时就要注意各种食材之间的搭配，保证给宝宝提供均衡的营养。宝宝的生长需要各种各样不同的营养，其中包括蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素、矿物质和微量元素、纤维素等营养素。粮食是最基础，而肉、鱼、奶、蛋、蔬菜、水果等等也是身体所必需的。因此，父母需要合理搭配给宝宝的食物，做到食物多样化，避免食物过于单调。也要注意不要将相克的食物搭配到一起，以免让宝宝不适。
