肾为先天之本，肾阳是一身阳气之根本，脾脏依靠肾阳的温煦才能正常运化水谷精微，运化水湿。脾为后天之本，脾运化水谷精微以充养全身，肾所藏之精虽禀受于先天，但须不断继养于后天。
1、脾肾久病，耗气伤阳：肾主水液，也须和脾主运化水湿的功能相配合，才能维持体内水液代谢的平衡。因此，脾肾两脏相互依赖，以保证运化水谷精微和水液代谢功能的正常进行。若脾肾久病，耗气伤阳，以致肾阳虚衰不能温养脾阳，或脾阳久虚不能充养肾阳，则最终导致脾肾阳气俱虚。
2、年龄增长、久病伤身：脾肾阳虚证的病因较为复杂，如年老体弱，劳倦内伤，久病不愈等均可引起本证。根据病情发展变化的不同情况，有由脾及肾与由肾及脾之分。
3、久泻久痢，损伤肾阳，脾肾两伤：由脾及肾者，多为脾胃本弱，或为饮食所伤，或忧思伤脾，或寒湿困脾，或因泄泻、痢疾、水肿等病日久迁延不愈致脾阳虚衰。
4、水邪久踞，肾阳虚衰，不能温养脾阳：由肾及脾者，或因先天禀赋不足，肾阳素亏，或后天调养失慎，房劳伤肾，或久病耗伤肾阳，而肾阳先虚，则脾阳失于温煦;或肾水泛滥，使脾阳受伤。日久则形成脾肾阳虚证。
5、脾阳久虚，不能充养肾阳：脾虚则运化无力，不能化生精微以充肾，或水湿内停，影响肾阳蒸化水液的功能，日久导致肾阳不足，最终而成脾肾阳虚证。
