口腔局部疾患是主要导致口臭的原因，但不容忽视的是，口臭也常是某些严重系统性疾病的口腔表现，有一些器质性疾患也会导致口臭症。
病理性口臭
口源性口臭
据统计，80%～90% 的口臭是来源于口腔。口腔中有未治疗的龋齿、残根、残冠、不良修复体、不正常解剖结构、牙龈炎、牙周炎及口腔粘膜病等都可以引起口臭。其中龋齿和牙周疾病又是最常见的相关疾病。深龋窝洞内、不良修复体悬突下常残存食物残渣和菌斑，细菌经过发酵分解，产生臭味。牙髓坏死或化脓性牙髓炎，未经治疗也可发出臭味；牙周病患者常伴有大量的牙石、菌斑，牙周袋内细菌发酵产生硫化氢、吲哚和氨类，因而产生臭味。另外，牙周脓肿和牙周袋溢脓，多为金黄色葡萄球菌合并牙周致病菌感染，也会发出臭味。唾液的质和量也起到重要作用。唾液量的减少、 蛋白质等有机成分的增多降低了唾液的冲刷作用和缓冲作用, 使细菌大量繁殖,分解唾液、 龈沟液及食物残渣中的有机成分, 产生大量的挥发性硫化物、 吲哚等物质,引起口臭。
非口源性口臭
口腔邻近组织疾病如化脓性扁桃体炎、慢性上颌窦炎、萎缩性鼻炎等，可产生脓性分泌物而发出臭味；临床上常见的内科疾病如急慢性胃炎、消化性溃疡出现酸臭味；幽门梗阻、晚期胃癌常出现臭鸭蛋性口臭；糖尿病酮症酸中毒患者可呼出丙酮味气体，尿毒症患者呼出烂苹果气味。另外白血病、维生素缺乏、重金属中毒等疾病均可引起的口臭。
生理性口臭
饥饿、食用了某些药物或洋葱、大蒜等刺激性食物、抽烟、睡眠时唾液分泌量减少所致的细菌大量分解食物残渣等都可能引起短暂的口臭。而健康人的口臭可能由于不良的口腔习惯和口腔卫生造成舌背的菌斑增多、增厚所引起。由于舌背的表面积大，有许多乳头、沟裂和凹陷，有利于细菌、口腔粘膜脱落上皮、食物残渣等的滞留，充当“细菌储藏室”，有利于口臭的产生。有研究表明，口臭程度、挥发性硫化物的量与舌苔厚度及面积均存在正相关关系，其中与舌苔厚度的关系更为密切，清除舌苔后挥发性硫化物减少。这可能因为舌苔越厚，越易形成厌氧环境，越利于厌氧菌的生长，从而也越利于挥发性硫化物的产生，导致口臭。
除此之外，还有假性口臭，即患者本人自我感觉有口腔异味，但检查结果为阴性。可通过解释说明和心理咨询得到改善者。
