在鉴别诊断方面，需要与肝癌相鉴别的疾病很多，原发性肝癌有时须与下列疾病相鉴别。
一、继发性肝癌(secondary liver cancer)肝脏血源丰富，其他癌肿可转移至肝脏。我校病理解剖资料，继发性肝癌为原发性肝癌的1.2倍，其中以继发于胃癌的最多，其次为肺、结肠、胰等的癌肿。
原发性肝癌应该如何鉴别诊断？
继发性肝癌大多为多发性结节，临床以原发癌表现为主，少数可仅有继发性肝癌的征象如肝肿大、肝结节、肝区痛、黄疸等。除个别来源于胃、结肠、胰的继发性肝癌病例外，血清AFP多呈阴性。
二、肝硬化、肝炎 原发性肝癌常发生在肝硬化基础上，两者鉴别常有困难。鉴别在于详细病史、体格检查联系实验室检查。肝硬化病情发展较慢有反复，肝功能损害较显著，血清AFP阳性多提示癌变。
少数肝硬化、肝炎患者也可有血清AFP升高，但通常为“一过性”且往往伴有转氨酶显著升高，而肝癌则血清AFP持续上升，往往超过500ng/ml，此时与转氨酶下降呈曲线分离现象。甲胎蛋白异质体LCA非结合型含量>75%提示非癌肝病。
三、肝脓肿 临床表现发热、肝区疼痛和压痛明显，反复多次超声检查常可发现脓肿的液性暗区。超声导引下诊断性肝穿刺，有助于确诊。
四、其他肝脏良性肿瘤或病变 如血管瘤、肝囊肿、肝包虫病、胆吓癌、胆管癌、结肠肝曲癌、胃癌、胰腺癌及腹膜后肿瘤等易与原发性肝癌相混淆。
