子宫内膜异位症在治疗时要审因论治，针对瘀血这一实质，以活血祛瘀为主，再根据寒热虚实分别施以疏肝理气，温经散寒，益气补肾，清热消毒法。并在治疗时结合月经周期不同时期及不同体质分别论治，因势利导，扶正祛邪。并可配合针灸，中药外敷及灌肠等方法，以提高临床疗效。
本病的治疗应本着"虚则补之"、"实则泻之"、"治实勿忘其虚"、"补虚当顾其实"的原则，以活血祛瘀为主，并根据不同病因疾型兼而治之。
如气滞者治以理气疏肝，寒凝者治以温经散寒，气虚者治以益气升阳，热郁者清热和营，肾虚者治以补肾调经。
并根据病之新久，体质强弱而决定是以祛邪为主还是扶正祛邪，或是先扶正后祛邪，临床要灵活掌握。
同时可结合月经的不同时期血海的盈亏变化而采用不同的治法。一般经前以调气祛瘀为主;经期以活血祛瘀，理气温经止痛为主。
经后以益气补肾，活血祛瘀为主。即经前经期以祛邪为先，经后则扶正祛邪。
本病在临床以口服汤药效果较好，为提高临床疗效可同时配合针灸、灌肠、外敷药膏等，可以缩短疗程，加速疾病痊愈。
一、辨证选方
1、气滞血瘀
治法：疏肝理气，活血祛瘀。
方药：膈下逐瘀汤。
2、寒凝血瘀
治法：温经散寒，活血祛瘀。
方药：少腹逐瘀汤。
3、气虚血瘀
治法：益气补阳，活血祛瘀。
方药：补阳还五汤。
4、热郁血瘀
治法：清热和营，活血祛瘀。
方药：血府逐瘀汤加味。
5、肾虚血瘀
治法：益肾调经，活血祛瘀。
方药：归肾丸合桃红四物汤。
二、专方验方
1、异位粉
地龙、土虫、蛰虫、蜈蚣、水蛭备等份，研粉末，装瓶备用或装入胶囊备用，每次2～3g，日2～3次。适用于子宫内膜异位症，配合口服药治疗。
2、活血化瘀方
3、化瘀通腑丸
三、中成药
1、妇女痛经丸
具有理气活血，化瘀止痛之功效。主治痛经，适用于气滞血瘀型痛经。每次30粒，1日2次，口服。
2、少腹逐瘀丸
具有活血祛瘀，温经止痛之功效。主治痛经，适用于寒凝血瘀型痛经。每次1丸，1日2次，口服。
3、调经益母片
具有清热散瘀之功效。主治痛经，适用于瘀热型痛经。每次20～30粒或5～8片，1日2～3次，口服。
四、针灸、推拿治疗
1、体针：取穴关元、中极、合谷、三阴交，每日1次，连续7次，每次留针20分钟，经前或经期治疗。
2、耳穴压籽：取穴子宫、内分泌、肝，用磁粒或王不留行敷贴穴位，每日多次按压刺激，用于治疗痛经。
3、沿任脉上下按摩，起于神阙，逐次按摩气海、关元、天枢、四满、归来、子宫、气冲穴，每穴按摩1分钟，从经前7天开始，至经后3天止，适用于痛经为主者。
