有细胞实验表明胃癌细胞比正常细胞更容易被辣椒素诱导凋亡，且辣椒素还能引起人结肠癌细胞的凋亡。另外我们总是被叮嘱少吃辛辣的东西，特别是胃肠功能不好的时候更要忌辣，但有研究显示辣椒素能够保护胃粘膜，并可通过抑制胃酸分泌、增加胃粘膜血流量治疗胃溃疡。
反方：辣椒会致癌
1994年《美国流行病学杂志》报道了墨西哥的一组研究人员与1989-1990年间在墨西哥城所做的“病例-调查”研究，统计结果表明吃红辣椒的人比不吃辣椒的人患胃癌的风险高。2006年宾夕法尼亚州立大学的努拉尹·艾林(Nuray Erin)等人确认了辣椒素导致乳腺癌细胞一些基因的表达量下降，而这些基因全部与细胞的生长、增殖和癌症的进展有关，因此，他们认为辣椒素通过减少与鼠乳腺癌细胞凋亡有关基因的表达，增强乳腺癌细胞的扩散。
结论：致癌还是抗癌？尚无定论
辣椒到底能够抗癌还是会导致癌症，这个问题在科学界一直存在争论，研究者们不仅一直没能对辣椒素与癌症的关系得出明确的结论，甚至对同一种癌症的作用，也存有争议。对于辣椒素到底是能够致癌还是治癌，抑或辅致癌，科学界还没有统一的结论，而且这些细胞或动物实验的结果还不能直接等同于临床实验，我们并不能据此断定平时吃辣椒会导致癌症或治疗癌症。所以，没必要因为这些研究就拒绝或是多吃辣椒。
