慢性肾小球肾炎主要与下列疾病鉴别：
1．无症状性血尿或和蛋白尿 临床上轻型慢性肾小球肾炎应与无症状性血尿或和蛋白尿相鉴别，后者无水肿、高血压和肾功能减诅。但某些无症状性血尿或和蛋白尿可以转化为慢性肾小球肾炎。鉴别有困难者可以进行肾活检。
2．感染后急性肾小球肾炎 有前驱感染并以急性发作起病的慢性肾炎需与此病相鉴别。与感染后急性肾小球肾炎不同之处在于，慢性肾炎急性发作多在短期内数日病情急骤恶化，血清补体C3一般无动态变化；此外，二者的转归不同，急性肾小球肾炎1~2月多可自愈。
3．原发性高血压肾损害 慢性肾小球肾炎血压明显增高者需与原发性高血压肾损害即良性肾小动脉性硬化症鉴别，后者多有高血压家族史，先有较长期高血压，其后再出现肾损害，远曲小管功能损伤如尿浓缩功能减退、夜尿增多多较肾小球功能损伤早，尿改变轻微微量至轻度蛋白尿，可有镜下血尿及管型，常有高血压的其他靶器官心、脑、视网膜并发症。
4．继发性肾小球肾炎 如狼疮性肾炎、过敏性紫癜肾炎等，依据相应疾病的全身系统表现及特异性实验室检查自身抗体阳性及其他免疫学异常，一般不难鉴别。
5．遗传性肾炎Alport综合征 常为青少年多在10岁之前起病，患者有阳性家族史多为性连锁显性遗传，同时有眼球型晶状体等、耳神经性耳聋、肾血尿，轻、中度蛋白尿及进行性肾功能损害异常。
