在病毒流行期间，病人以全身酸疼，咽喉疼，上呼吸道感染者，或免疫受损者伴有食管症状应疑有病毒性食管炎，内镜见有典型钻孔样溃疡，食管钡透有散在浅表溃疡则支持疱疹病毒感染，再进一步做活体组织检查或培养等证实。
1.食管巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)食管CMV感染常可伴有其他内脏感染，因此常可在胃，肠黏膜及黏膜下发现CMV，免疫重度抑制而长期存活的患者，CMV常可引起食管溃疡，且易合并HSV，真菌及细菌感染，如果并发念珠菌感染或者胃酸反流，则患者常伴持续性食管疼痛。
2.水痘-带状疱疹病毒感染水痘-带状疱疹病毒(varicetla-zostervirus，VZV)偶尔可在成年人导致食管的带状疱疹和在儿童导致食管出现水痘，一般能自愈，然而，在重度免疫抑制和免疫功能低下的患者，VZV可导致坏死性食管炎，食管中既可见到疱疹也可见到融合成片的坏死灶，食管刷取物和活检标本中可见到HSV感染中类似的表现，但免疫组织学检查可将两类感染区分开来，在皮肤无带状疱疹的情况下，VZV感染可进一步导致内脏的播散性感染，对以前有VZV感染者可用ACV进行有效预防。
3.人类免疫缺陷病毒感染食管可成为人类免疫缺陷病毒(human immune deficiency virus，HIV)感染的原发部位，可出现多个小溃疡，临床表现有发热，腹泻，吞咽疼痛及一过性的皮疹。
4.乳头瘤病毒感染乳头瘤病毒(papillomavirus)可导致正常人鳞状上皮长出疣和扁平湿疣，乳头瘤病毒感染食管较肛门，会阴部少见，病变为皮肤疣和扁平湿疣的一种翻版。
诊断主要依靠组织病理学和免疫组化检查，食管乳头瘤病毒感染一般不需要进行治疗，如果进行治疗应用干扰素大多有效，大的病变需在内镜下进行摘除。
