遗传基因和环境因素在本病的发病中发挥作用。已证实AS的发病和HLA-B27密切相关，并有明显家族聚集倾向。正常人群的HLA-B27阳性率因种族和地区不同差别很大，我国为6%～8%，可是我国AS患者的HLA-B27的阳性率为90%左右。另有资料显示，AS的患病率在患者家系中为4%，在HLA-B27阳性的AS患者一级亲属中高达11%～25%，这提示HLA-B27阳性者或有AS家族史者患病的危险性增加。但是，大约80%的HLA-B27阳性者并不发生AS，以及大约10%的AS患者为HLA-B27阴性，这提示还有其他因素参与发病，如肠道细菌及肠道炎症。[1]
遗传问题：
强直性脊柱炎是不是遗传病还没有定论，但是90%强直性脊柱炎患者是有遗传因素的。所以强直性脊柱炎是一种与遗传有密切关系的疾病。研究表明强直性脊柱炎与HLA-B27 的关系及为密切，强直性脊柱炎的发病与HLA-B27有直接关系，即强直性脊柱炎与人类白细胞抗原相关性最强，HLA-B27阳性者中80%并不发生强直性脊柱炎，而强直性脊柱炎患者中有10%为HLA-B27阴性。故HLA-B27阳性不一定发生强直性脊柱炎，HLA-B27阴性也不一定不发生强直性脊柱炎，更不能认为HLA-B27阳性就是强直性脊柱炎。[2]
可以肯定地说强直性脊柱炎家族人群只有个别人会成为强直性脊柱炎患者，大部分人终身不发病。强直性脊柱炎地家族遗传性早已受到医学界的重视，1964年Kell-gren在对强直性脊柱炎家族的普查时发现，该病患者家属中的平均患病率为 4%，而全国人口平均患病率仅为0.1%，两者之间发病率竟相差40倍，说明家族遗传性确与强直性脊柱炎的发病有关。Brewerton 等1973年在强直性脊柱炎病人的组织分型中获得明显基因因素的证据，他们在75例典型病人中，发现72例HLA-B27阳性，占96%，在其60名一级亲属中31名(占51%)中HLA-B27为阳性，而在75名对照组中，HLA-B27仅3例阳性，占4%，说明HLA-B27阳性者与强直性脊柱炎发病关系密切。由于HLA系统与血型抗原一样，是由遗传决定的，因此遗传是强直性脊柱炎发病的重要原因之一。在HLA-B27阳性人群中，本病的发病率大约占 20%，其余80%不患此病，说明除遗传因素外尚存在其他致病因素。
