规划提出，到2020年，将中国中医科学院建设成为组织结构合理，科技条件平台先进，拥有一批高层次科技领军人才和创新团队，在推动中药学术进步，解决临床、产业重大实际问题等方面的能力显著增强，引领中医药科研、医疗、保健、教育、文化、产业发展方向，胜任中医药继承与创新历史重任、具有重要国际影响力的、一流的国家级科研机构，为健康中国建设和中医药现代化、国际化提供科技支撑。
中国中医科学院2016科技创新大会
规划明确了9项主要任务。一是深化科技体制改革。建立院所分类管理运行机制和制度体系，加强分院建设，完善中医药科研绩效评估体系。二是推动中医药创新平台建设。加强科研支撑条件建设，搭建高水平中医药学术交流平台。三是提高中医药科技创新水平。建立协同创新机制，推进中医药继承创新，加强中医药标准研究。四是提升中医医院的防病治病能力。全面提升重大疾病防治水平，强化中医临床特色优势发挥，全面提高临床人员的诊疗水平，互联网+中医医疗，推动中医医院建立现代管理制度。五是强化中医药创新团队建设。提高中医药人才素质，加强海内外高层次人才的引进，加强研究生院建设。六是加快科技产业发展。建立科技成果转化机制，搭建科技成果转化平台，支持院属产业发展。七是繁荣发展中医药文化。弘扬中医药文化精髓，加强中医药文化产品研发。八是推进国际交流与合作。搭建中医药交流与合作平台，开展国际大项目科技合作，开拓国际中医医疗市场。九是加强党的领导。全面落实从严治党，强化主体责任，提高党建科学化水平，加强干部人才队伍建设，加强党对群团老干统战妇女工作的领导。
为保障各项任务顺利完成，规划提出加强领导、精心组织，优势互补、创新机制，强化管理、提高效率，筹措资金、增加投入等保障措施。
