先天性肾上腺皮质增生症是由于慢性ACTH升高引起的组织学变化和由于缺乏皮质醇产物引起的全身性改变。主要的病因如下。
21-羟化酶缺乏
90%的CAH由这种酶缺乏引起。发病率从1/10000~1/15000活产婴儿。有孕酮；17-羟孕酮；脱氢表雄酮（DHEA），一种较弱的使受累女婴男性化的雄性激素；以及雄烯二酮等产物增加，同时伴随血浆皮质醇和醛固酮的水平低下或缺乏。这些前体的尿中代谢产物（17-酮类固醇和孕三醇）高于正常。醛固酮分泌减少导致盐的丢失出现低钠高钾，血浆肾素活性因此而升高。在酶部分缺乏时，不表现出醛固酮缺乏，患者的钠，钾仍然正常。这有更大的可能性与单一类型的HLA有关。孕期诊断和治疗是无效的。携带状态（杂合子）也可在儿童期和成人期诊断。
11β-羟化酶缺乏
3%~5%的CAH由这种酶缺乏引起。特征性的类固醇表现是11-脱氧皮质酮（和尿中17-羟基皮质类固醇）升高。由于羟基皮质类固醇的盐皮质激素的活性，患者表现出盐潴留和高钾性高血压。血浆肾素活性低。可发生男性化。治疗用皮质醇替代，还必须有盐皮质激素的替代。
3β-羟基类固醇脱氢酶缺乏
这种很少见的异常导致DHEA的积聚，并在腺体外组织中，外周转变为睾丸雄性激素。必要时，治疗也是用糖皮质激素和盐皮质激素。
胆固醇-碳链酶缺乏和17-α羟化酶缺乏
这些异常导致受累女婴男性化和受累男婴男性化不足。
皮质类固醇18-甲基氧化酶II型缺乏
表现为典型的醛固酮缺乏：慢性高血钾和低血浆醛固酮。没有性分化异常存在。
