精心培养25年之后，朱标已经38岁，继承父亲大位的能力是有了，可是朱标的身体熬不住。1392年1月，朱标从陕西视察回来后，身上长了个大肉瘤，折磨得寝食难安，异常痛苦。朱标的长子朱雄英10年前已经死了，伺候父亲全靠次子朱允炆。
但朱标还是不幸早逝。对于勤恳的老皇帝来说，这是极为罕见的大事件，不是普通的丧子之痛——接班人没有了，整个帝国的命运怎么办?那么多大将手握重兵，怎么节制?这件事折磨着老皇帝，居然28天没有上朝。
朱允炆将3个年幼的弟弟照顾得十分周到，这一切朱元璋都看在眼里。
朱元璋不得不重新选择继承人。周王、晋王、燕王等都有野心。秦王荒唐成性，是一摊扶不上墙的烂泥，还差点儿被废了王号。晋王外表残暴，违法乱纪，然而本质上是个胆小鬼。鲁王是个天大的蠢货，为长命百岁，乱吃丹药，把眼睛吃瞎了。其他的王子有的杀人犯罪，有的沉溺酒色，稍微几个成器的，却是舞文弄墨、没有任何政治经验的艺术家。
现在，只剩下四子燕王朱棣和朱标次子朱允炆PK了。
朱元璋对朱允炆抱着一种复杂的感情，对他仁柔的性格又喜又忧：他柔弱的肩膀，能担负得起治理国家的重任吗?这么仁柔，跟个兔子似的，多么大的缺陷啊。做皇帝，必须有狮子、老虎的硬汉性格，否则必定会被政坛上的狮子、老虎吃掉。
朱元璋就立储问题，曾经悄悄征询过大臣的意见。他问翰林学士刘三吾：“太子死了，皇长孙(朱允炆)年幼不懂事。治理国家必须选对人，我想让燕王接班怎么样?”
刘三吾是知识分子，你问他谁当储君，他当然只推荐自己的同类。他头摇得像拨浪鼓：“立燕王绝对不行!如果立燕王，那么秦王、晋王怎么办?皇长孙朱允炆四海归心，大家都拥护他，您可以安心睡大觉。”
文官们拥护朱允炆，因为他是文人，是大孝子又是大好人，上台后能实行文明德化之治，而不是军事化的高压独裁。朱元璋的统治太过猛烈，官员暗地叫苦，百姓生活在水深火热之中，长久下去没人吃得消，国家客观上需要一位阴柔、仁爱的皇帝，让人民歇歇脚、喘口气。
朱允炆非常有孝道。而在争夺皇位的斗争中，“孝”就是夺取皇位继承权的秘密武器。所以，朱允炆一定要将“孝”进行到底。
对于第四子朱棣，朱元璋确实非常欣赏，尤其欣赏他的“武”，这是朱允炆不具备的特殊优势。
朱棣是闻着战争的硝烟味长大的，1360年4月17日出生于南京，正是陈友谅大举进攻南京的那一年。他11岁封燕王，17岁迎娶徐达的长女，20岁就藩北平。朱棣的才能不在朱元璋之下，弯弓射大雕不在话下，尤其喜欢打仗，智谋过人，知道怎么打胜仗。作为罕见的勇士和智慧人物，朱棣可谓一代 “战神”。现在他33岁，正当青春年少。
论才能和胸襟，朱棣都胜过朱允炆。一次，大家在宫里看赛马。朱元璋出上联：“风吹马尾千条线。”朱允炆没有打仗经验，所见不过平凡琐事，憋足劲想出“雨打羊毛一片毡”，软绵绵的，没什么味道。而朱棣见过世面，巧对“日照龙鳞万点金”，气魄宏大，朱元璋听了非常高兴。
燕王朱棣就藩北平，以他为众藩王之首，与宁王、晋王、肃王、秦王等沿长城一线封国，为天子守边，抵御北方蒙古人的侵犯，号称塞王。朱元璋允许他们拥有3000人的护卫，最多的可以达到1.9万人。燕王、晋王、秦王势力最强，多次奉诏攻打蒙古，即使傅友德、蓝玉这样的大将也要听塞王指挥。尤其是燕王朱棣，负有控制北部门户的重任，能够直接指挥的军队多达30万人，军中大小事自己裁决，只有天大的事才向朱元璋汇报。
1390年，一场战斗使年仅30岁的朱棣威名远扬。那年元旦刚过，朱元璋命令燕王和晋王分兵合击，打垮元代丞相咬住、平章乃儿不花。
朱棣首先派出几股哨兵四出侦查，摸清乃儿不花的确切位置。3月，天下大雪，千里荒原上银装素裹，车马辎重行进十分困难，士兵们冻得直打哆嗦。将领们请求燕王安营扎寨，等大风雪过后再想办法。
朱棣说：“战机就摆在你们眼前，你们怎么看不见呢?这正是出奇制胜的大好时机!”命令大军顶风冒雪，快速而进。大军出现在乃儿不花面前时，他竟然还在帐篷里烤火。
朱棣围而不歼，派乃儿不花的好朋友、降将观童劝降。乃儿不花知道是鸡蛋碰石头，只好请降。朱棣摆酒设宴，酒喝得十分爽，令乃儿不花感动得眼泪哗哗的，主动要求劝降咬住。
朱棣第一次大规模出征，兵不血刃就大获全胜，让朱元璋非常高兴，赏赐宝钞100万锭，夸赞朱棣：扫清沙漠里的蒙古人，就全靠你了!
而另一路晋王，生性怯懦，一踏上当年成吉思汗征战的土地，就两腿发虚，走一走停一停，不敢深入蒙古腹地，连个兔子都打不到。
朱棣的血统带来麻烦
朱棣和朱元璋是同类，雄才大略，各方面能力都比朱允炆杰出，更适合当皇帝。但是，血统却给他带来了大麻烦。他真的是龙子吗?
江山当然只能交给亲生骨肉坐，必须是纯种的龙种，就是说是马皇后所生。嫡长子继承制在中国延续几千年，朱元璋跳不出这个框框。
朱棣可能不是马皇后生的，所以朱元璋不会选朱棣接班。
朱棣可能是一个妃子生的，或许这个妃子还是少数民族。有可能是高丽人，究竟是北方高丽民族，还是来自朝鲜半岛，很多人都弄不清楚。也有人称朱棣的妈妈是元顺帝的妃子，甚至可能是蒙古人。
根据管理宗庙祭祀、礼乐的官方机构太常寺的记载(现已丢失)，淑妃李某生了朱标、秦王和晋王，跟马皇后没什么事儿。而另外一个妃子生了朱棣，这个妃子就是石页妃。
朱棣称帝后纂改《太祖实录》，把能得到的资料全部纂改，拼命证明自己就是马皇后生的，还拿出很多证据证明他当皇帝是合法的，证明朱元璋有意传皇位给他。
而朝鲜的一条史料足以戳穿朱棣的谎言。1389年，朝鲜使臣权近等人在北平拜谒燕王，回国后写了一本《奉使录》。里面说，他到北京燕府去见燕王，可是很不凑巧，那天是农历七月十五日，是燕王妈妈的忌日，燕王不见客人。马皇后是八月初十去世的，所以说朱棣不是马皇后亲生。
朱元璋艰难决定：立16岁的朱允炆为皇太孙
只有嫡长子继承皇位，大家才拥护。朱棣不是马皇后的亲儿子，所以经过权衡，朱元璋作了一个异常艰难的决定：立16岁的朱允炆为皇太孙。这让朱棣十分窝火，十分不服气。一次，他用手拍拍皇长孙朱允炆的背，讥讽地说：“没想到我侄儿还能有今天的荣耀啊!”这一情景，恰好被朱元璋看见，厉声责问朱棣：怎敢对皇长孙如此无礼?朱允炆急忙打圆场，才没让朱棣十分难堪。
立皇太孙的第二年，朱元璋还是担心朱允炆太文弱，压不住阵脚，管不住军队，于是开始大杀功臣，蓝玉、胡惟庸集团先后被清洗。
当年朱棣靖难，攻入南京后没有马上进攻内城。他有两个选择：
1、等朱允炆投降然后将之软禁。
2、等朱允炆自杀、结果朱允炆选择了第三条路—焚宫。事后在火场内没有发现朱允炆的尸体。这种结果是朱棣最不愿意看到的。此后的几十年里，朱棣为此殚精竭虑。坐卧不安。
关于朱允炆的下落有以下几种说法：
1、被烧死了
2、外逃做了和尚
3、逃亡海外
最可信的是和尚说。据说当年山穷水尽之时，朱允炆想自杀。旁边一个老太监阻拦，说朱元璋在世时有遗物留下给他。打开看时，内有僧衣僧帽、僧侣度牒和50两黄金，还有一封信。信上说朱元璋料到会有今日，特留此物保命。朱允炆借此得以逃生。后来据说隐居在四川。
还有一种说法是逃亡海外说。这种说法的最大佐证就是伟大的郑和七下西洋。据说郑和每到一地，都要向当地人寻找貌似朱允炆的人。
