1.控制传染源 及时发现患者和疑似患者，进行隔离治疗，并作好疫源检索，这是控制霍乱流行的重要环节，这方面我国已有成功的经验。
(1)建立腹泻肠道门诊：所有城镇医院均应建立肠道门诊，接诊所有腹泻患者，以便及时发现患者和疑似患者，进行隔离治疗和作好疫情报告，以防传染源扩散。
(2)对密切接触者进行粪检和预防性服药：密切接触者应进行粪便培养检查，1次/d，连续2天，第1次粪检后给予服药可减少带菌者，一般应用多西环素200mg顿服，次日口服100mg，儿童6mg/(kg·d)，连服2天，亦可应用诺氟沙星200mg，3次/d，连服2天。
(3)搞好国境卫生检疫和国内交通检疫：一旦发现患者或疑似患者，应立即进行隔离治疗，并对交通工具进行彻底消毒。
2.切断传播途径 加强饮水消毒和食品管理，确保用水安全，有良好的卫生设施可以明显减少霍乱传播的危险性，在霍乱还没有侵袭和形成季节性流行的地区，制定有效的控制霍乱的计划是对控制霍乱流行的最好准备，长期改善水的供应和卫生设施是预防霍乱的最好方法，对患者和带菌者的排泄物进行彻底消毒，此外应消灭苍蝇等传播媒介。
3.提高人群免疫力 往应用全菌死菌苗或并用霍乱肠毒素的类毒素菌苗免疫人群，由于保护率低，保护时间短，且不能防止隐性感染和带菌者，因而已不提倡应用，目前国外应用基因工程技术制成并试用的有多种菌苗，现仍在扩大试用，其中包括：
(1)B亚单位-全菌体菌苗(BS-WC)：这是由灭活的霍乱弧菌全菌体细胞(WC)和纯化的霍乱肠毒素B亚单位(BS)组成的菌苗，其中WC细胞壁含有脂多糖(LPS)和霍乱毒素协同菌毛(TCP)等抗原，能诱导机体产生抗菌抗体，从而抑制霍乱弧菌在肠道定居;而BS产生的抗毒抗体，则能中和CT的B亚单位，使霍乱肠毒素不能与肠黏膜受体结合，而无从发挥肠毒素作用，此菌苗保护率为65%～85%，对古典生物型霍乱弧菌的预防作用优于埃尔托生物型霍乱弧菌。
(2)减毒口服活菌苗(CVDl03-HgR)：这是应用DNA重组技术将除去94%的CTXA基因，重组于古典生物型霍乱弧菌的569B株中，获得减毒株CVD103，然后导入一个抗汞(Hg)的编码基因进入hgla的染色体位点，成为CVD103-HgR减毒株，此菌苗能明显对抗O1群古典生物型和埃尔托生物型霍乱弧菌的感染，Taket等报告，口服(3～5)×108，单一剂量CVD103-HgR菌后，志愿者中获得100%的保护作用，一般认为保护作用至少持续6个月，但动物实验表明此菌苗对O139型霍乱弧菌无保护作用，Woldol-等曾构建出缺失细胞毒素(CT)和腺苷环化酶(ACE)zot等毒素的VCO139型减毒株Bengal3，但其安全性和保护力等还待进一步研究。
(3)O139疫苗的研究 O139的荚膜脂多糖不仅是重要的毒力因子，也是重要的保护性抗原，以血清蛋白为载体蛋白制作O139荚膜脂多糖疫苗，应用EDC或CDAP为激活因子注射于小鼠，可使小鼠产生杀弧菌抗体，还有将O139荚膜脂多糖与白喉毒素共价结合可使小鼠产生针对荚膜多糖的IgG，具有杀弧菌作用，同时也可产生针对白喉毒素的抗体，此研究还处于动物实验阶段。
