因为菠萝里的甙类对人的皮肤、口腔黏膜有一定刺激性，所以吃了未经处理的生菠萝后口腔觉得发痒。菠萝里的5-羟色胺，是一种含氮的有机物，有强烈地使血管收缩和使血压升高的作用，每100克果汁中含2.5毫克～3.5毫克，多吃后会引起头痛。
此外，菠萝蛋白酶可能引起腹痛、恶心、呕吐、麻疹等过敏反应，严重的还会发生呼吸困难及休克。一旦出现过敏反应即应送医院施治，使用扑尔敏、苯海拉明等抗组胺药物；严重者使用皮质激素及其他综合治疗。
要预防吃菠萝过敏很容易，最彻底的做法是用沸水烫一下菠萝，使蛋白变性，让酶失去活性。另外，还可以用盐水泡，盐可破坏蛋白质的胶体性质，使蛋白质的水化层和电荷破坏掉。
具体来说，沸水烫菠萝，把菠萝放到沸水里烫，放凉了就可以吃了；盐水泡菠萝，放盐的量与平常饮食的咸度相同即可，水要用凉开水，泡半个小时即可吃。需注意的是，菠萝浸泡时间过长，会造成营养流失，还容易滋生细菌。
此外，有过敏体质者应慎重食用，过去吃菠萝有过敏史者则应禁止食用。患有溃疡病、肾脏病、凝血功能障碍的人应该禁食菠萝，发烧及患有湿疹疥疮的人也不宜多吃。
