虽然肛门成形术得到了很大的改良，还有腹腔镜的辅助，但是术后依然存在着问题，如肠道功能紊乱、慢性便秘、溢出性失禁等，其中最最影响生活质量的要数失禁。肛门闭锁术后并发症的治疗方法介绍如下。
Silva2004年在文献中提出处理肛门闭锁术后大便失禁的新的外科观点，人工肠括约肌和股薄肌代肛门括约肌，并通过临床验证了这两种方法的有效性。对于术后便秘，Pe.na 手术应用后，近年来无肛术后大便失禁的发生率大幅度降低，第二骶骨以下骶骨发育良好者很少出现大便失禁。
而无肛术后合并便秘现象则日益受到人们的重视,其趋势是直肠位置越低,合并便秘的发生率越高,对于顽固性便秘合并巨大直肠和乙状结肠者多主张手术切除。对于术后排便功能障碍的防治,有资料提出通过肠道管理、调整饮食、排便训练、药物治疗、灌肠、心理行为治疗、生物反馈治疗、手术治疗等来调整和治疗。
同时国外学者也强调对肛门直肠畸形术后排便功能障碍的患儿进行心理和行为治疗，并收到了良好的效果，他们认为心理和行为治疗是肛门直肠畸形术后排便功能障碍治疗中的重要组成部分之一。
