流脓是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。
诊断肛瘘的方法
较大较高位的肛瘘，常有粪便或气体从外口排出。检查时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起，挤压有少量脓液排出，多为单一外口，在肛门附近。也有多个外口，外口之间皮下瘘管相通，皮肤发硬并萎缩。
也有多个外口位于两侧，瘘管成“马蹄形”，直肠指诊在病变区可触及硬结或条索状物，有触痛，随索状物向上探索，有时可扪及内口。若外口不整齐，不隆起，有潜行边缘，肉芽灰白色或有干酪样稀薄分泌物，应怀疑为结核性肛瘘。
肛瘘诊断要点
肛瘘的诊断不困难，但要正确地寻找到瘘管的走向、瘘管的内口却是不太容易的。因此，掌握正确的检查方法非常重要。
①肛窦钩检查：以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探时忌用暴力，以免穿破正常肛窦，造成新的感染内口。
②探针检查：用探针从瘘外口伸入瘘管，食指伸入肛管，多数探针可在齿线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。
③美蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。尔后，用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显著处，以肛窦钩或探针探查，多数可发现内口。
④其他：如X线检查、肛管压力测定等检查方法，较少用，有条件者也可采用。
