对于小儿疱疹性咽峡炎的治疗主要以抗病素为主，可服抗病毒口服液或板蓝根冲剂；另外还可给服用多种维生素，如维生素C和复合维生素B，局部可用金霉素甘油或双黄连气雾剂喷雾。以达到局部止痛消炎作用。若有继发细菌感染或并发中耳炎、鼻窦炎时，可采用抗生素治疗。
饮食可进冷流食或半流食，一定不要吃太热的，以免引起咽痛加重，要吃一些清淡易消化的，另外，发烧期可给孩子吃一些冰淇淋，因冰淇淋较凉，可起到止痛作用，再有里边含有牛奶及维生素等，可增加热量，补充营养，也到降温作用。
如果孩子连水都不喝，应适当补液，以防电解质紊乱，使用抗病毒药物，如果白细胞升高，可根据情况使用抗生素。高热时可酌情使用美林或泰诺林、热速清等退烧药。患此病的孩子最好同时进行消食治疗，可让孩子吃点肥儿丸、健儿消食口服液等，让孩子多排泄，排得越多，好得越快。孩子体
内热毒泄了，就会更快康复。
夏秋季是科萨奇病毒活跃的季节，也是小儿疱疹性咽炎的高发季节。在这一时间内父母们要特别关注小儿的饮食与生活，以加强预防环节，预防要点是避免淋雨，过度疲劳，防止中暑及便秘等，以免因此而引起机体抵抗力下降，增加小儿疱疹性咽炎的发生机会。一旦小儿出现发热、咽痛或吞咽困难等症状，要及时带孩子去医院就诊，以做到早发现、早治疗。
为防止继发感染，局部使用止痛剂和抗病毒药物，一定注意口腔卫生。患儿用过的食具一定要进行沸水消毒。
