1.肛门先天性发育畸形
（1）神经系统发育缺陷 先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁。患者外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，无收缩功能，处于弛缓状态。且由于感觉和运动系统均受影响，直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出。此种患儿往往伴有尿失禁。
（2）肛门直肠畸形 肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂。高位畸形时直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位；内括约肌缺如或仅处于雏形状态；外括约肌多处于松散状态，其间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱。其病因主要与畸形伴有感觉和运动神经组织结构的缺陷有关。
2.外伤
由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁。如刺伤、割伤、灼伤、冻伤及撕裂伤（主要为产妇分娩时的会阴撕裂）等。
3.神经系统病变
多见于脑外伤、脑肿瘤、脑梗死、脊髓肿瘤、脊髓结核、马尾神经损伤等均可导致大便失禁。
4.肛管直肠疾病
